Generating phylogenetic trees with Phylomatic and dendrograms of functional traits in R
基于现有的物种之间的进化关系，将其拟合成一个进化树，一直是进化生物学家和生态学家非常关心的问题。Phylomatic软件使得用户可以用物种名录生成基于APGIII的进化树框架，进而用Phylocom软件拟合出分化时间。这使得计算群落内部和群落之间的系统发育关系成为可能。
同系统发育关系类似，物种在的功能性状组成的多维空间中的距离，对于回答诸如群落物种组成的关系也是极为重要的。
这里的幻灯片是2010年8月在Community phylogenetics 培训班上的资料。内容第一部分涉及如何在Phylomatic上生成进化树，怎样在Phylocom中校对枝长。第二部分为如何根据物种的功能性状，推测物种之间的距离，并进一步用聚类分析的方法给出聚类结果。如何对结果进行筛选等。
供有兴趣的同仁参考。