在本地运行awk版本的phylomatic-awk利用植物名录生成进化树

在本地运行awk版本的phylomatic-awk利用植物名录生成进化树

Phylomatic网页版在2021年下线后，Cam Webb提供了phylomatic-awk (https://github.com/camwebb/phylomatic-awk)。可先下载zip包到本地，保存为phylomatic-awk-main.zip。

该软件是用awk语言写成的，在安装了awk解释器的计算机上就可以运行。本文以Windows10系统为例，介绍awk版本的phylomatic的运行。

要运行awk版本的phylomatic，当然要先安装awk的解释器。rtools和git两个软件，就都内置又awk的解释器，因此，只要系统装了rtools (https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/)或者git (https://git-scm.com/), 同时将awk添加到电脑的启动路径（也就是将awk.exe添加到系统路径中，以便于从cmd调用），就可以在本地运行phylomatic了。

在Windows10中具体添加awk.exe到启动路径的方法是：

1. 找到gawk.exe的路径，如果安装了git，则路径一般为 C:\Program Files\Git\usr\bin， 如果安装了rtools，则路径一般为 C:\rtools40\usr\bin

图1

2. 在桌面找到“我的电脑”，点击鼠标右键，“属性”，点击“高级系统设置”>“环境变量”>“系统变量”>找到 “path”>，点击“编辑”

图2

图3