随着测序和进化树推断理论和技术的不断成熟，生态学家正努力将物种系统发育关系整合到生态学研究中，并逐渐发展出一系列研究物种性状和适应性演化规律的分析方法。这些研究方法大量运用计算机模拟，包括随机生灭过程和随机化等统计学手段。目前，这些方法在R中迅速发展。本报告简要介绍了系统发育比较分析中的主要内容，包括：祖先状态重建（Ancestral reconstruction）、物种分化速率随时间的变化(Lineages through time plot)、群落系统发育与物种共存(Community phylogenetics)、生态位进化(Niche evolution),以及这些方法在R的实现。
这个报告是在中国第四届R语言会议上的报告，旨在介绍R中的系统发育比较方法。