两棵进化树一致性的校对

首先， 要保证获得的进化树是有根树， 设定好外类群，并且，分支出现的次序经过排序reorder，这可以在Figtree软件中， 对newick格式的进化树进行操作， export as currently displayed 即可。

其次， 用R软件ape程序包的 cophyloplot函数， 可以实现， 将两棵进化树面对面绘制， 并将名称相同的分类单元用线段联系起来， 此时， 如果两个进化树结构有差别， 就一目了然了。

举例：

1
2
3
4
library(ape)
labs1 <- paste("t", 1:10, sep = "")
labs2 <- paste("t", 1:10, sep = "")
cophyloplot(x = rtree(20), y = rtree(10), space = 100, length.line = 0.1, gap = 10,assoc = as.matrix(data.frame(labs1, labs2)))