谈谈科研论文的追踪、管理和阅读

阅读文献是了解各研究领域内新动态的最重要途径。通过阅读最近出版的论文，研究人员可以了解国内外同行做了什么，怎么做的，得到了什么重要结论等。及时找到感兴趣的专业文献，并尽可能将重要文献吃透，对于研究是至关重要的。

当前，检索文献的主要方式是直接在数据库，特别是谷歌学术搜索关键词，找到关键论文后，再查看引用这些论文的论文，下载pdf全文，甄选后阅读。

随着研究工作的深入，文献也逐渐积累，绝大多数研究人员积累的PDF文件可能达几百个，几千甚至几万个。这么多pdf文件，如果不按照一定规则管理，并按照一定顺序优先阅读，很容易让人陷入文献的海洋。读文献宜精不宜多。时间有限，不能漫无目的地在文献的海洋中漂流。

本文分享一些跟踪、整理和阅读文献的方法，主要是希望对生态学研究生有所帮助。与标题的顺序稍有不同，按照阅读、追踪和整理的顺序介绍。

阅读文献

为什么要阅读文献？

阅读文献的最终目标是为自己在所研究的领域构建最前沿、最深刻的认知。最终目标能否达到，是一个人能否成为一流学者的重要因素。每一位研究人员都要做好文献阅读和整理，这是学术研究能历久弥新的重要保证。

具体来说，阅读文献主要有以下三个原因：

  1. 获得新的认知
  2. 学习新的方法
  3. 熟悉研究领域

这三点就不展开了。而读文献时最重要的一点就是目的明确，也就是知道想从这篇文献中获得什么。

学术论文的常见类别

\1. 研究论文

主要是收集数据，通过一定的方法进行假设的检验，展示结果，讨论。这也是研究论文最常见的格式。研究论文最核心的内容，就是原创性和新的知识。因为这是人们从科学领域获得并且记录新知识的最重要方式。

2. 方法和技术论文

这种论文一般介绍新的软件或者新的方法、新的工作流程或数据标准，如Darwin Core数据交换标准，植物标本图像采集的流程和具体要求等。生态学中常用的vegan程序包，分子系统学中建立进化树的RAxML软件，作者都撰写了相应的论文。论文中介绍软件研发的背景、目的，实现的主要功能以及和其他软件相比的优势等，一般还会提供一个或者几个研究实例。如果软件或算法得到的了广泛关注，文章的引用率往往会很高。

3. 数据论文

一般只介绍数据以及数据采集和生成的过程，或者标准化的过程，并提供初步的统计图表等。例如介绍CHELSA气候图层的论文，介绍植物功能性状数据库TRY的论文等。一般来说，数据都在Dryad, Figshare, Github等网站，或者专门设立网站将数据公开。这类论文可能比较短，而且不包括对数据的深入分析。数据论文也可能是某地区的生物多样性编目，如某地区的物种名录及其濒危等级评估等。

4. 综述

综述是对某一个领域的研究现状进行总结、评述和展望的论文。国际上的主流学术期刊，一般以研究性论文为主，但也会发表少量综述，一般为约稿。部分期刊，如Trends in Ecology and Evolution, Annual Reviews上的论文以综述为主。这些论文，大多是某学者取得很高的学术声望后，由期刊的编辑发邀请函，请该学者围绕领域内的某一问题撰写的。综述论文往往涉及大量文献。一般的研究论文，参考文献数量很少超过100篇， 且一般在80篇以下，而综述性论文，为了详细介绍研究进展等，往往从学科的历史、现状、问题、展望等多方面进行论述，因此参考文献也较一般的研究论文多得多。阅读好的综述论文，有助于快速了解某一个领域的动态，把握学科的发展方向，也能帮忙快速找到以前忽略的重要文献，因此是了解某一领域的首选。

5. 观点述评

一般是学者对某一研究进展，或者现象表达个人观点的论文，在一定程度上接近综述，但由于篇幅所限，很难展示某一领域的全貌。一般来说，对某一问题持不同观点的学者， 可能在期刊的同一期，或者附近的几期内刊登论文。例如植物分类学家Maarten J. M. Christenhusz将蕨类植物的属名分类系统进行了大量合并，而一些蕨类专家对此持反对态度，因此在Taxon杂志上发表论文互相驳斥对方的观点。观点述评一类的论文，当然也要用数据支撑自己的观点，做到有理有据。

6. 编者按

一般是主编对某一期的若干篇论文进行简要的评述，也可能是基于该期发表的论文做进一步的呼吁（如怎样有效保护野生动植物）等。编者按一般是期刊编委会成员或者特邀编委撰写的，对于了解学科动态有一定的指导意义。

7. meta分析

一般是从不同的研究论文提取数据， 再进一步分析，一般也进行假说检验，形式上介于研究论文和综述之间。

读文献的基本要求

无论是读哪种类型的论文，最重要有三点要了解：

  1. 研究人员做了什么
  2. 得到了什么结果
  3. 作者持什么观点

研究论文阅读的顺序

一般来说，论文都可以从头到尾通读。如果时间太紧张，或者对技术细节不感兴趣，则可以按照以下顺序阅读：

  1. 先读摘要，确定是否有读下去的必要
  2. 再看图表，确定结果是否足够吸引人
  3. 再读结论，即论文最重要的信息是什么
  4. 再读讨论，了解结果的意义
  5. 若对材料与方法的细节感兴趣，则应全面阅读全文
  6. 若自己对研究内容与问题不太熟悉，则要从前言开始顺序阅读

阅读笔记

阅读笔记，就是在读论文过程中记录看文献时得到的重要信息以及自己的想法。一般用一两句话总结该论文做了什么，得到了什么结果或者结论，有什么不足等。以后要回忆文献的内容，直接看笔记就能想起来大部分。阅读笔记可在文献管理软件中撰写和保存。

用好文献管理软件

文献管理软件，对于每个读论文、写论文的的学生，都是必须要熟练掌握的。

常用软件包括Mendeley, Zotero, JabRef, Endnote等，只需要选择一种自己认为顺手的软件即可。这些软件一般都包括以下功能：

  1. 自动提取PDF中的文字信息， 通过查询文档的DOI或者对PDF内容进行识别，而在软件中自动填写文献的作者、标题、期刊、页码等信息
  2. PDF的文字部分导入数据库中，以便搜索时能顺利找到
  3. 做笔记的功能
  4. 按照一定格式，在Word, OpenOffice, LaTeX文档中插入参考文献，能极大节省论文撰写的时间。

在文献管理软件中，阅读笔记一般可以和标签一样检索。如果阅读笔记总结得合适，一般在检索时能快速找到文献。

什么时候读论文，每天读多少？

写文章之前一般要大量阅读论文，以确保自己对学科状态有全面和客观的认识。科研人员来说，最好需要养成在空闲时间阅读和思考的习惯，只是要懂得如何选择最适合自己的论文，去粗取精。对于博士研究生来说，最好每天能读一篇文献。

读文献遇到不懂的地方怎么办？

任何人在读论文时，都会有疑惑，或者对概念或者方法等不清楚。如果是关键性的方法，而作者在论文中介绍的不清楚，建议直接联系作者。其他情况下，建议按照以下顺序搜索或者请教问题。

  1. 谷歌 Google。善用搜索引擎已经是信息社会的基本生存能力。
  2. 维基百科 Wikipedia。对于一些基本概念，部分背景知识，维基百科介绍得可能更清楚。不过，因为所有人都能编辑维基百科，相关内容的可信度要经过认真评价。
  3. 在QQ群、微信群、Stackoverflow、统计之都等专业论坛咨询： 这些群或者论坛主要用来求助技术问题，特别是数据处理问题，如R，Python等的问题。国外就有研究生拍毕业照时，致谢Stackoverflow.
  4. 向同行求助。一些科研人员，愿意将自己的代码、模型等在网站上共享，一般来说，他们也非常愿意帮助别人。如果在QQ群、微信群、专业论坛等都没能解决，则可以尝试联系这些人，看能否帮忙解答问题。

文献检索

怎样获得研究领域的最新进展？

一般包括以下几种方式：

  1. 关注在谷歌学术设立个人页面的主要科学家，并让谷歌学术在作者有新论文发表时，发email提醒;
  2. 在Google Scholar创建若干核心论文的引用提醒（citation alert），这些论文在有新的引用后，谷歌学术就会发邮件提醒。
  3. 在ResearchGate, Twitter, facebook上跟踪感兴趣的学者;
  4. 订阅Wiley, Springer, Science Direct， Oxford等数据库中感兴趣期刊的Content Alert。有新论文发表时，系统会发邮件通知;
  5. 订阅期刊的RSS，有新的论文上线时，通过RSS Reader 等就能方便查看;
  6. 浏览学会或者期刊的网站或者博客，如英国生态学会(BES)，Methods in Ecology and Evolution网站等都有相应的博客，介绍出版的重要论文;
  7. 专业论坛、QQ群、微信群等分享的文献

寻找文献的过程

通过Google Scholar等找到引用率较高的核心论文之后（又称为种子论文， seed paper），继续查找引用这些文献的论文，以及这些文献本身引用了哪些论文，防止将重要文献遗漏。综述论文一般可以作为种子论文，帮你找到更多的论文。

怎样下载论文的全文？

一般是在Google Scholar检索到之后，打开期刊的网页，找到DOI，然后在SCI-Hub搜索DOI，就可下载到PDF全文。绝大部分英文论文都可以在Sci-hub下载到全文，由于Sci-Hub侵犯了一些出版商的知识产权，目前不清楚还能坚持多久。当然，如果能够合法下载，可能还是合法下载更好。

文献整理

  1. 综述或者引用率很高的研究论文要归类为核心论文，这些是必须要精读的。可在文献管理软件中添加特定标签，方便查阅。
  2. 下载的论文应立即导入文献管理软件，并按照关键词分类，并加上适当标签，便于查找和做笔记。
  3. 用文献管理软件给PDF重命名，建议为 “第一作者，年份，杂志”，这样，不但在管理软件中能快速找到文件，在单机版搜索软件（如Everything）也能快速找到。Zotero, Mendeley等软件都具有批量重命名PDF文件的功能。

参考：

本文同时在ecoinformatics上发布

img