r8s是用于进化树订年的重要软件。然而作者Mike Sanderson只提供了MacOS的可执行程序，对于Windows用户，将r8s从源文件编译为.exe可执行文件，很多人不一定熟悉。这里介绍用Cygwin将r8s源代码编译为r8s.exe的方法。用Cygwin编译r8s软件，之前在Windows XP系统中，我在科学网博客上有介绍过，但是当时生成的r8s.exe在Windows10中已经不能运行。在Win10中，相应的操作也发生了一些变化，因此这里重新撰写了指南。

1 所需软件
本说明是为Window10专业版，64位操作系统而写的。要编译和运行r8s，需要用到的软件包括：

r8s源代码: https://sourceforge.net/projects/r8s/
Cygwin: https://www.cygwin.com/install.html 用于将r8s源代码编译为.exe文件。
示例数据: AAA.nex ，这是nexus文件， 包含一棵需要订年的进化树以及若干r8s命令。
Notepad++: https://notepad-plus-plus.org/download/v7.5.9.html 这是一个加强版的记事本程序，用于编辑nexus文件，查看运行结果。
2 安装Cygwin
Cygwin是Windows下运行的软件，用于模拟Linux/Unix操作系统，常用于将Unix/Linux操作系统下的命令行软件编译为Windows下的可执行文件(维基百科)[https://zh.wikipedia.org/wiki/Cygwin]。由于r8s是用C和Fortran为Linux编写的， 编译时会用到gcc和make，因此需要在Cygwin安装时选取好安装这些组件。

2.1 64位计算机应选择setup-x86_64.exe
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2.2 双击setup-x86_64.exe开始运行
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选择从网络安装即可，但是要注意选择合适的镜像，部分镜像链接可能已经过期，或者由于其他原因不能正常访问。

2.3 安装时注意选取安装gcc和make
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2.4 开始下载并安装Cygwin程序包
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3 编译r8s
3.1 解压缩已经下载好的 r8s1.81.tar.gz
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3.2 cd到src文件夹
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3.3 在Windows查找Cygwin64 Terminal
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3.4 复制r8s/src的路径
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3.5 在Cygwin Terminal中输入r8s/src的路径，注意斜杠向右
第一行表示直接拷贝路径不能识别，要转换为向右的斜杠

第一行表示直接拷贝路径不能识别，要转换为向右的斜杠

3.6 输入make，回车，开始编译
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3.7 编译生成的r8s.exe
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4 运行r8s
4.1 将r8s.exe拷贝到一个新的文件夹（如run_r8s），注意路径不能有中文
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4.2 在Window中搜索CMD，即命令提示符Console
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4.3 用cd转换到新文件夹run_r8s
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4.4 查看并编辑AAA.nex文件夹的r8s命令模块
命令的相关解释请参考r8s软件书的说明各命令的说明详见 r8s使用指南 http://blog.sciencenet.cn/upload/blog/file/2010/3/201032420201531842.0.pdf

4.5 运行nexus文件中的r8s命令模块
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4.6 用Notepad++打开生成的out.txt文件
img找到已经校对好分化时间的newick进化树即可。

5 参考资料
张金龙(2010)进化时间的估算:r8s软件使用指南 http://blog.sciencenet.cn/blog-255662-305898.html