那些生态学可能会用到的工具软件

本文列出部分工具软件，涵盖论文写作、 排版、图片编辑、编程、文件管理、数据整理等方面，以开源软件为主，供感兴趣的老师同学参考。

文献检索

文献阅读

文档编辑

  • Libre Office

    https://www.libreoffice.org/ 一套开源的Office办公软件套装，对中文支持一般，如果没有购买MS Office，编辑Word文档一般用它

  • WPS Office

    www.wps.cn/ WPS，国产办公软件，现在已经有Windows、Linux以及Mac版本

语法和拼写检查

  • Grammarly: Free Writing Assistant

    https://www.grammarly.com/ 有Office插件、 浏览器插件（如Chrome、Firefox、Safari版本）以及单机版三种。又分为免费版和专业版，免费版可检查拼写错误以及低级语法错误，收费版能提出一些更好的写作建议。

记事

文本编辑器

  • NotePad++

    https://notepad-plus-plus.org/download/ 曾是Windows下最流行的文本编辑器，打开文件速度非常快。支持多种语言的代码高亮显示，通过插件还可将文档导出为多种格式，现在用户仍然非常多，不过很多人已经开始用VS code

  • VS code: Visual Studio Code

    https://code.visualstudio.com/ 微软和开源社区共同维护的文本编辑器，可编辑各种常见编程语言的源代码以及书写Markdown文档等，主要依靠插件提供功能。

编程语言

R

  • R

    https://www.r-project.org/ 统计学、经济学、语言学、生物信息学和生态学等领域非常流行的统计语言

  • Rstudio

    https://www.rstudio.com/ Rstudio公司开发的R语言IDE，集代码编辑、帮助查询、debug、绘图、编译RMarkdown文档等为一身，是学习R语言必备的工具

  • Rtools

    https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/ 是R-Core Team维护的编程工具套装，Windows用户如果要编写R程序包， 必须要安装这套软件。Rtools为Windows提供了多种Linux命令。

Python

  • Python

    https://www.python.org/ 大名鼎鼎的人工智能编程语言。对于数据分析师来说，Python和R是两门必须要掌握的语言

  • Anaconda

    https://www.anaconda.com/ Python的数据分析套装， 集成了SciPy、NumPy、PANDAS等多种程序包，只需在终端输入conda update --all 即可完成所有程序包的更新。

版本控制

  • Git

    https://git-scm.com/ 最流行的版本控制软件，应用也非常广。作者是Linux内核的开发者 Linus Torvalds。github、gitlab等网站可以和git无缝衔接。

  • TortoiseSVN

    https://tortoisesvn.net/ SVN的诞生比git要早，部分网站，如R-forge仍然在使用SVN作为版本控制工具

字典软件

TeX排版

  • MikTeX

    https://miktex.org/ Windows版本的Tex, 用户只需安装基本版，编译文档时，若程序包缺失会自动安装

  • MacTeX

    www.tug.org/mactex/ Mac版本的TeX

  • TeXLive

    https://www.tug.org/texlive/ TeX的另一个完整版本，支持多种操作系统

  • TeXWorks

    TeX的跨平台编辑器，一般用来编译PDF，如生成幻灯片等， MikTeX、MacTeX、TexLive等套装都已经内置了TeXWorks。

公式编辑

图片编辑

PDF文档合并与转换

  • PDFsam

    https://pdfsam.org/zh/ 用于分割和合并PDF文件

  • pandoc

    https://pandoc.org/ 用于将Markdown源代码转换为html、pdf、word、ppt、epub等多种格式，也支持多种格式之间的相互转换。

收发邮件

收取RSS研究动态

  • RssOwl

    www.rssowl.org/ 新文章上线时，学术期刊一般会同时更新RSS动态，通过RSS浏览器即可查看网站的更新，RssOwl和下面的SharpReader功能类似，界面也非常像收发邮件的客户端，当有新的论文上线时会给出提示

  • SharpReader

    http://sharpreader.net/ 参见RssOwl的介绍

文献管理

  • Zotero

    https://www.zotero.org/ Zotero是非常著名的文献管理软件，可以从PDF中自动提取文档的DOI，然后为PDF自动填入Meta信息。可管理10000条以上的记录。

  • Mendeley

    https://www.mendeley.com/ Mendeley能通过PDF文档的DOI获取PDF的meta信息，也能够智能识别PDF中的标题、作者等信息，对中文文档的支持好过Zotero。

  • JabRef

    www.jabref.org/ 如果需要管理Tex文献库，可考虑用JabRef。JabRef也可自动提取PDF中的meta信息

单机版文件检索

文件下载

共享文档

音频与视频

远程管理

文件压缩

文件备份与同步

删除重复文件

物种分布数据整理

  • OpenRefine

    https://openrefine.org/ 批量处理数据表中的拼写错误等，是数据整理的重要工具

  • GEOLocate - Software for Georeferencing Natural History Data

    www.geo-locate.org/ 其实是一个网站，上传文档后，在地图上为某一条分布记录提取经、纬度，然后再将记录下载到本地

编辑GPS和地理标记

GIS

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