本文给出Abbas S. et al. (2019)的完整R脚本，内容包括群落稀疏化曲线、beta多样性和指示种分析、mantel检验、NMDS非参数排序、空间关系的PCNM转换和前向筛选、方差分解等各种分析以及作图等，供感兴趣的同行参考。

本R脚本全部为本人编写，因群落数据本人无权公开，这里只公布R脚本。篇幅所限，部分数据分析段落有删节。如您有任何问题或者建议，请跟本人联系（微信 jinlongzhang01）。

因水平有限，脚本中难免出现错误，欢迎各位读者指正。

R脚本各部分内容如下：

• 1 稀疏化曲线，用于比较个体数不同样方的物种丰富度
• 2 Mantel检验两个距离矩阵的相关性是否显著
• 3 指示种分析、PCNM、环境因子的前向筛选、物种组成的方差分解以及显著性检验
• 4 betadisper检验beta多样性各组的离散度是否有统计差异，Mantel Correlogram展示距离矩阵相关的精细结构
• 5 分析不同演替阶段生活型组成的变化
• 6 提取丰富度最高的种
• 7 NMDS分析，用以展示不同演替阶段样方物种组成相似性的关系

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参考文献：

• Abbas, S., Nichol, J. E., Zhang, J., & Fischer, G. A. (2019). The accumulation of species and recovery of species composition along a 70-year succession in a tropical secondary forest. Ecological Indicators, 106, 105524. DOI:10.1016/j.ecolind.2019.105524