PAUP* 全称Phylogenetic Analysis Using Parsimony (and Other Methods)是美国佛罗里达大学的David Swofford博士编写的，是用最大简约法建立进化树最重要的软件，同时与ModelTest软件一起，是进化模型筛选等的必备软件，也可以进行如极大似然法建树及其他分析。在同类软件中，几乎拥有最快的运行速度，性能卓越。PAIP能在MacOS， Windows，Unix等平台上运行。目前最新版本为4beta10
为方便刚刚接触PAUP*及进化分析的同行入门，本人写了一个简要说明。
真正正确的使用该软件，弄清楚算法的原理是必须的，这里推荐Lemey，Salemi and Vandamme主编的 The Phylogenetic Handbook, Cambridge University Press.