1. seqRFLP简介
RFLP和TRFLP等技术在生物多样性研究中十分广泛。随着测序技术的日趋普及，在进行RFLP或TRFLP之前，用户很可能已经获得了DNA序列。为了对RFLP和TRFLP的结果进行更好的分析，特别是选择合适的内切酶，对模糊的电泳条带进行确认，基于RFLP/TRFLP及序列分别对物种进行鉴定等显得日趋重要，但是目前还缺乏这样一种已知序列就能获得RFLP/TRFLP的分析平台。为此我们编写了seqRFLP软件。
seqRFLP是用来对DNA序列进行模拟酶切、模拟PCR引物筛选的软件包，目前版本是1.0.0。用开源的R语言 (http://www.r-project.org/ )写成，可以在Linux, Windows， MacOS等多种计算机平台上运行。seqRFLP已经被RCRAN接收，用户可以在R的任何一个镜像下载。本说明假设用户使用Windows，其他平台用户的使用方法与之类似，均需先安装R软件。
2. seqRFLP的下载和安装
首先下载和安装R软件。建议选择较新的版本，如Windows: R-2.11.1，其下载地址之一为:
http://ftp.ctex.org/mirrors/CRAN/bin/windows/base/R-2.11.1-win32.exe
下载到本地后，双击R-2.11.1-win32.exe开始安装，各选项默认即可。安装完成后双击
开始>所有程序>R>R 2.11.1
输入命令:
1 | install.packages("seqRFLP") |
R将提示选择CRAN,选择距离较近的CRAN镜像，将软件包自动下载和安装好。
导入seqRFLP程序包：
1 | library(seqRFLP) |
3.查询seqRFLP的帮助
seqRFLP 的每个函数都有详细的帮助文件，要查询帮助可输入:
?seqRFLP 查看详尽的帮助手册:用户也可以在CRAN上下载pdf版本的帮助手册。
seqRFLP符合GPL-2协议，用户可以免费使用并拷贝该软件，也可以更改其源代码。
运行seqRFLP实例:
1 | example(seqRFLP) |
致 谢
感谢马克平研究员、梁宇博士的指导，感谢博士研究生孙秀峰及龙恩熙对软件的测试，感谢软件包的编写有过帮助的研究组各同学和老师。
参考文献
Saiki RK, Scharf S, Faloona F, Mullis KB, Erlich HA, Arnheim N (1985). Enzymatic amplification of beta-globin genomic sequences and restriction site analysis for diagnosis of sickle cell anemia. Science 230 (4723):1350-4
Roberts, R.J., Vincze, T., Posfai, J., Macelis, D. (2010) REBASE–a database for DNA restriction and modification: enzymes, genes and genomes. Nucl. Acids Res. 38: D234-D236. http://rebase.neb.com